Obowiązek prawidłowego rozliczania zobowiązań podatkowych w zakresie podatku od towarów i usług wymaga prowadzenia ewidencji operacji sprzedaży oraz zakupu towarów i usług, z wykorzystaniem rejestrów VAT. W Comarch ALTUM wymagane jest zdefiniowanie minimum jednego rejestru zakupu i jednego rejestru sprzedaży. Zgodnie z potrzebami konkretnej formy, Użytkownik ma możliwość definiowania większej ilości rejestrów, np. kilka rejestrów przypisanych do różnego rodzaju zakupów. Lista rejestrów zawiera wszystkie wprowadzone do systemu faktury VAT. Wyszukiwanie konkretnych dokumentów jest ułatwione dzięki rozbudowanym filtrom. Comarch ALTUM pozwala także na generowanie deklaracji VAT-7 na podstawie dokumentów wprowadzonych do systemu. Funkcjonalność Rejestrów VAT umożliwia uwzględnienie szczególnych przypadków powstania obowiązku podatkowego.